些大臣退隐山林，从此销声匿迹。朱棣夺位后，首先做的就是对那些曾经反对他的人进行疯狂的报复，无所不用其极，他对建文朝不肯与自己合作的大臣们进行了一次大清洗，其中方孝孺便在其中。
朱棣起兵前，谋士姚广孝对他说：“朝中有个叫方孝孺的，学问很高，而且很有德操，将来殿下夺取天下，他一定不肯归附，不过殿下千万不要杀他，杀了他，天下读书人的种子就灭绝了。”朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附，朱棣于是将其投入狱中，几天后，朱棣准备正式登基，让方孝孺为他拟写登基的文告，方孝孺坚决不从，朱棣派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反遭一顿痛斥。
无奈之下，朱棣只好派人强行押解方孝孺上殿，方孝孺当时穿着一身丧服，在大殿上嚎啕不已，朱棣命卫士强行撕去方孝孺的丧服，换上朝服，之后强压怒火，亲自劝解方孝孺说：“先生不要难过了，朕本来是要效法周公辅佐成王的。”方孝孺立即反问道：“成王在哪里?”朱棣说：“他自焚死了。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子即位?”朱棣说：“国家要依赖年长的君主来治理。”方孝孺再问：“那为什么不立成王的弟弟为帝?”朱棣语塞，只好说：“这是朕的家事，先生不必过多操劳。”