士气低落，毫无斗志。镇守龙泉的元帅胡深认为大势已去，抄小路赶到缙云黄龙寺，向耿再成投降。十月，耿再成出兵进击樊岭，与胡大海合兵，连拔桃花岭，葛渡二寨，元将石抹宜孙偕叶琛、章溢等数十骑，弃城避走浙闽边境建宁一带。
朱元璋求贤若渴，广揽人才，先后召用了王宗显、范祖干、叶仪等一批儒士。胡大海告诉他，人称“浙东四先生”的宋濂、刘基、章溢、叶琛是当今取得天下和日后治理国家不可或缺的人才，便命处州总制孙炎召见刘基等。刘基、叶琛、章溢、宋濂应召结伴而行同赴应天，共图反元大业，朱元璋亲自接见，与刘基、宋濂、章溢同聘重用，建造礼贤馆以居四人，对他们各取所长，授叶琛为营田司佥事，掌管治下农桑垦荒种田事务。
自此，“浙东四先生”追随朱元璋，开始了他们自身历史最重要的阶段。不久，元降将祝宗、康泰叛乱，镇守江西的武将邓愈逃跑，叶琛被俘。祝、康劝说叶琛投降，叶琛宁死不屈，大骂叛贼，被杀害。墓葬丽水县西南40里高溪黄坛岭。追封为南阳郡侯，入祀于功臣庙。明代，巡按御史王献之在处州府治南建造“三贤祠”，祀奉中丞章溢，南阳侯叶琛，缙云伯胡深。
叶琛英年殒身，未能在历史舞台上像刘基一样施