伐魏，围攻新城，司马孚督诸军二十万防御，到达寿春，派毌丘俭、文钦等进攻。诸将想迅速出击，司马孚说：“进攻的一方，是要消耗大量人力才能成功的，暂且使用诈巧，不要与敌人力争。”故意滞留了一个多月才进军，此时吴军士卒疲劳，加之瘟疫流行，于是望风而退。蜀将姜维进攻陇右，雍州刺史王经战败，朝廷派遣司马孚镇守关中，统领诸军。不久，征西将军陈泰与安西将军邓艾进击姜维，姜维撤退，司马孚回到京师，转任太傅。
魏帝曹髦不满司马昭专政，率宫人讨伐司马昭，于宫门处被杀，百官不敢奔赴，司马孚前往，首枕其股，失声痛哭说：“让陛下被杀是为臣的罪过。”上奏请求捉拿主谋者，正赶上太后下令以平民的礼节安葬曹髦，司马孚、司马昭同群公上表，请求改以王礼安葬，得到批准。司马孚性格十分谨慎，司马懿执政之际，他就有意避免过多地参与权政，而后司马氏几次废立皇帝，他也未参与谋划，司马师、司马昭因司马孚是长辈，也不敢逼迫他，后来进封他为长乐公。
西晋代魏，魏帝曹奂被贬为陈留王，迁往金墉城，司马孚前往拜辞，握着曹奂的手，泪流满面，不能自制，说：“臣到死的那天，也是纯粹的大魏之臣。”晋帝司马炎封司马孚为安平王，食邑四