府和军部对这个组织几乎没有控制力，所以这个特务组织我行我素，导致政府和军部高层对其没有任何的好感。
而撤销之后改成对满事务部，这直接反映了日本军方与大藏省合作共管对伪满的行政事务，这样一来军部和政府也插手进入了满洲事务，而非关东军一家独大。
其次是军事上的原因，原本关东军特务部组建以来战绩累累，不管是九一八事变还是后来组建伪满洲国，以及再后来镇压义勇军和抗联，特务部都是有大功的。
然而进入34年以来，这个特务组织却在情报收集方面屡屡出现问题，直接导致前线的部队在他们的指引下屡屡遭到重创。
尤其是在面对铁血团的时候，关东军特务部的表现更是令人失望！
远的不说，单单两次截杀马铮都遭到惨败，直接导致近七百名帝国精锐玉碎以及数十架战机被击落，这样的损失彻底的惊动了日本军部，也惊动了那位身处深宫的天皇陛下。
如此重大的失误，自然要有人承担责任！
菱刈隆大将随即被调离伪满洲国，虽说最主要的原因并非是因为这个，但这却是最直接的导火索！
最后一点则是关东军特务部的名声实在是太臭了，关东军于1920年5月设立