学内容和方式，以及教师的选聘、学生来源及条件、经费筹集和组织管理等，都有了比较明确的规定和比较稳定的条例。
南宋书院的规模进一步扩大，设施也渐趋完备，而且形成了较稳定的建筑格局。一般书院多由祭祀设施、藏书楼、讲堂、斋舍、生活设施五部分组成。讲堂多达十余间，斋舍百余间，容纳生徒和来访者数百人。教育的内容和形式日益充实和丰富，特色更为突出和显着。
南宋书院数量多、规模大、地位高、影响广，差不多取代了官学，成为当时许多地区的主要教育机构。而让赵昺感到哭笑不得的是南宋的书院却都标榜反对科举，提倡和鼓励学生向颜渊学习，追求一种“孔颜乐处”的精神境界。
朱熹在复兴白鹿洞书院时，就反复勖勉学生不要参加科举，不要只想做官，不要追求利禄，应当牢记古代圣贤教人为学之意，讲明义理，以修身心，然后推己及人。要像颜渊那样，居陋巷而不改其乐，钻研贤圣经传，只求明诚两进，德业双修，道艺并进。
赵昺以为造成这种局面，诚然是以官学的衰落和科举制度的腐败是互为因果的。在一定意义上，正是科举制度的腐败，进一步加剧了官学的衰落与书院勃兴。导致许多士人对官学的批评多从抨击科举制度