明治政府在彻底消灭幕府势力后，大久保利通先担任新政府的参议。又于1871年6月任大藏卿。1871年4月，岩仓具视使团出访欧美，大久保利通亦随行。在巡访中，普鲁士的“铁血宰相”俾斯麦给大久保利通以最深印象，他认为日本想富强只有象俾斯麦一般行事。
正当大久保利通在欧美访问的时候，国内以西乡隆盛为首的留守政府主张侵略朝鲜，以转移士族对政府的不满。大久保利通得到这个消息立即回国，对于“征韩”问题，大久保利通绝不是一个和平主义者。他只是感到日本尚不具备外征的条件，当务之急是抓紧学习西方,大力推行“殖产兴业”政策，加速日本资本主义工业化的步伐。于是大久保利通和岩仓具视结合起来，施展政治手腕，击败以西乡隆盛为首的征韩派，把他们赶出中央。这场政治斗争，史称“明治六年十月政变”。从此以后，以三条实美为太政大臣、岩仓具视为右大臣、大久保利通为内务卿的**政治体制成立了。
1873年11月10日内务省正式成立，大久保利通以参议兼任内务省内务卿。他把劝业、警保、户籍、驿递（即邮政）、土木、地理六个部门和测量司的大权都集中到自己手里。大久保利通所管辖的范围涉及到“殖产兴业”的各个方面。