，各设总兵，总兵之下则为城防营，有副将、参将、游击、都司、守备等官。另有一部分在京绿营，分属于漕运总督，专任护漕之责，其职务等于护路警察。至于“在外绿营”则直属各省，由总督或巡抚节制调遣，所以各省督抚的官衔有“节制军务兼理粮饷”一项，就是指绿营。绿营统兵的军官有提督、总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、百总、外委等。军队编制以营为单位，设管带一人，每营500人。全国的绿营总数共约50万人。绿营到了清末，饷给过薄，乃多虚额，检阅时则以雇佣市井无赖充数，武官由捐纳出身，军队缺额在半数以上，腐化已极，以致太平天国军兴，势若破竹，绿营乃遭淘汰。
旗营、绿营既成废物，曾国藩招募土著编练“勇营”，就是后来名重一时，镇压太平天国的湘军和淮军。由于这场战争的表现，勇营竟取得国军的地位，加以旗营形成虚设，绿营仅存形式，所以勇营就成为清廷镇内御外的唯一武力。勇营的装备以弓矢刀矛为武器主力，鸟枪火统为辅助。淮军李鸿章找英人戈登编练洋枪队，是为中国采用新式军械的开始。
勇营军纪很坏，掳掠奸杀，视为惯常，曾国荃所统之兵尤甚，攻入南京时竟至全城为废墟，一个小兵都身怀巨万；而清廷当