申政变并打退了日本的渗透势力，粉碎了日本趁中法战争之际谋取朝鲜的企图，推迟了中日战争爆发的时间。袁世凯也因这一事件受到李鸿章等人的重视，年仅26岁的他就被封为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”，位同三品道员，左右朝鲜政局，俨然朝鲜的太上皇。袁世凯在朝鲜期间，时常出入朝鲜宫廷，并且让朝鲜高宗按照藩国礼仪迎接上国钦差，明确清朝和朝鲜的宗藩关系。他还防止朝鲜向外国借款、阻挠朝鲜向西方国家派驻公使，袁世凯干涉朝鲜内政的做法引起了朝鲜国王和一些大臣的不满，清廷中也不断有人弹劾他。
1888年1月朝鲜国王李熙致函请求清廷撤袁世凯，随后朝鲜驻华官员金明圭奉李熙之命，请求李鸿章换人。清廷内的张謇、张佩纶等也曾攻击袁世凯“侈然自大，虚骄尚气，久留朝鲜，于大局无益”。李鸿章力排众议，不仅让袁世凯继续留朝任职，并于1890年2月给袁世凯写了“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的评语。李鸿章认为，袁世凯在朝鲜的12年虽然由于其年轻气盛而采取一些过激、粗暴的手段，但有效地遏制了日本和沙俄对朝鲜的渗透。日本人恨袁世凯，直到甲午年日本挑起战争前还多次派人暗杀袁世凯，只不过没有成功。