领北京后，更是对存放过“北京人”化石的协和医院进行过严密搜查。而化石最后很可能被带到了日本甚至是流落到了日本民间。
还有的说“北京人头盖骨”应该丢失在从北平到秦皇岛的运送船只“哈里逊总统”号上，而“哈里逊总统”号由于受到日舰追逐，半途被击沉。
另外还有的说北京人头盖骨并没送到哈里逊总统号上，而是从其他渠道秘密的押运到了美国，然后同样的流失到了民间，其后甚至是有人称见过其照片。
最后一个说法那就是在“阿波丸”号上了。
在“阿波丸”号上这个说法是流传最广的，也是相信的人最多的一个说法，为此政府甚至是组织专业人员对“阿波丸”沉船进行了打捞，打捞的结果虽然并未找到“北京人头盖骨”。但是，打捞人员却找到了伪满洲国政要郑禹的家藏小官印和圆砚。
因为“阿波丸”号是从新加坡绕道而来的并未经过中国的北方，所以有的人认为“北京人头盖骨”不可能在“阿波丸”号上，而从这这个郑宇的家藏官印和圆砚上却能推断出，该船携带了大量中国北方宝物，这也就说明“阿波丸”号很大的可能装载着“北京人头盖骨”。
但是显然这个说法有点不太靠谱，就因为