占领了美国驻北京、天津、秦皇岛等地的相关机构，北京人头盖骨从此下落不明。
至此以后，寻找北京人头盖骨下落的活动就没停过，二战结束后美国中国日本都找过，新中国成立后新政府也开始找，到了七十年代寻找北京人头盖骨的话题再次火热了起来，随后1998年以贾兰坡为首的科学院院士又开始找，在2005年的时候更是专业成立了一个寻找北京人头盖骨的工作委员会，然而，迄今为止也没找到。
寻找了这么多年，东西没找到，有关其下落的说法倒是越来越多了，有的干脆就说已经毁于战火中了，而有的则认为以“北京人”头盖骨的珍贵不可能毁于战火中，还有的则因为找了这么多年也没找到则变得态度模糊自己也说不清了，毕竟战火中，如果是金银珠宝书画，倒还可能保存下来，可是几个死人骨头……不是每个日军都有那么高的见识的，而在那个时代信息不畅别说是普通的日本士兵了，就是高级军官也不见得能认出这是北京人头盖骨来，即便是认了出来不是学者型的军官却也不见得就会看重。
而认为还存在的则又有几个说法，有的说是在日本。
首先，这个说法是说运输化石的火车在天津被日军劫掠过。
而后日军占