府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。这便是我们前边提到过的“阁潮”，
照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权。那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐树铮主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧。孙洪伊主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言。
徐树铮竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事。孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹。后因段祺瑞袒护小徐并主动承担责任，阁员们顾及段的面子，才未过于追究。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几乎全集中于徐树铮之手。不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意。不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火.药气氛接近爆炸。
这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。
孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段祺瑞：凡与各省民政长及有关的问题，内