南京就任的目的，可谓骇人听闻。
大多数人说，这场兵变是袁世凯一手策划的。因为，举行兵变的是袁世凯专门调到京城保护他的曹锟的北洋三镇。
兵变发生后，有人曾见，曹锟到袁世凯这里报功。也没管有没有外人在，见面就叫嚷：“报告大总统，昨晚奉大总统的密令，兵变之事，已办到矣。”
袁世凯气得大骂曹锟：“胡说，滚出去。”
兵变把北京破坏成那个样子，给老百姓带来那样的浩劫，兵变后没追究任何人的责任，也没处罚过任何人。管理社会治安的警察部队都躲了起来，陆建章的军法执行处也没有任何作为。人们怀疑是袁世凯策划，当然理由充分。
也有人认为，这是袁世凯的长子袁克定，背着袁世凯，打着袁世凯的旗号，串通曹锟所为。
持这种观点的人，主要理由是：蔡元培来北京后，耳闻目睹了很多情况后，经过他们的从中斡旋，南京方面已经不再坚持，一定要把临时首都放在南京了。
已经让步到，袁世凯只要去一次南京，在参议院宣誓就职就可以了。去南京一次，不是再容易不过的事，袁世凯没有必要搞什么兵变。
他们的另一个理由是，袁世凯不至于那样的道德败坏、丧心病狂。
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