回到南京城，赵鹏把陈圆圆安顿在原来的魏国公府上，与寇白门相伴，再把吴小妹安排到了南京锦衣卫兵营内，并在兵营为她盖了一座小院。而吴家其他人则被钱谦益接走，暂时安排在虞山红豆馆，赵鹏去向绍武帝请求拨款, 为吴家家人修建住宅，等住宅修好了，再从钱谦益那搬走。
南京锦衣新军永久兵营，位于玄武湖北面的江边，一面临江，一面靠着玄武湖。一大片工地正在热火朝天的施工中。需要修建的除了校场、营房、食堂、会堂、医馆、军官宿舍等设施之外，还有周围的科学院和工业区。
科学院的院长人选，赵鹏心里早就有了，就是宋应星，届时宋应星将会担任工部侍郎兼任科学院院长，科学院将会负责对各种新式武器和新式机械设备的研发。
工业区则主要是钢铁厂和军工厂，有钢铁厂、铸炮厂、盔甲制造厂、火枪制造厂、炮车厂、火药制造厂、冷兵器制造厂等工厂。
赵鹏的主攻武器是燧发枪和新式火炮，新式火炮，其实就是在原有的火炮基础上略加改进即可，主要采取了新式的内模灌水冷却法铸造火炮，那样铸造的火炮炮管壁薄，重量轻，废品率低，降低了成本，而且不易炸膛。这本来是美国南北战争时期的技术，被赵鹏照搬过来了