不过正是因为军队四总部的建立，参谋部制度确立之后，他这个兵部尚书地位就尴尬了。
首先兵部的职责是掌武卫官、土官选授考课及军制、训练、征调、镇戍、边防、仪仗、禁卫、驿传、厩牧、军械、符勘、兵籍、武学等军事行政，其堂官往往督军出征，本部操赏罚进退将帅之柄，又常以尚书、侍郎兼掌京营戎政，督领京营操练。职权尤重。
现在新军体系完全不归兵部管辖，朱慈烺又裁撤了所有旧军及京营。
仪仗和禁卫工作也由禁卫三个师和锦衣卫大汉将军全权负责。
驿站被裁撤，军马牧场等被皇明牧业兼并，军械被东厂和皇明军械把持，武学体系又被讲武堂取代。
至于督军出征，更是没有一点机会，今年消灭建奴这么大的事情，皇上都没有让杨嗣昌参与，后来的对倭、对沙俄等战事，更是全权由参谋部包办。
现在原本各地编练之兵已经裁撤殆尽，卫所士卒又在改编为垦殖公司。
现在他堂堂一个兵部尚书，内阁大学士，管理的职权竟然只剩下乡兵，勇夫训练。
就这一点权力，听说参谋部都计划以义务兵役制取代乡兵体系。
所以当初的共同战线现在反目成仇，让他自请