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但是这里面确有很多问题，其一是兵制混乱，有五军都督府所辖卫所、有内廷所辖勇士神机诸营，有京营单列，有兵部选派任用的各地练军募兵。
各军种互补统属，战时协调不便，本来有两分力，因为缺乏协调配合只能用出一分，甚至有时还互相拖后腿。
其二是兵源混乱，各军中有军户、有太监、有民户、有匠户矿工、有渔户。不同户籍导致不同述求，各军将要么选同乡，要么选同宗，要么选同卫所。
使得军内山头林立，各自只顾自己小圈子的利益，完全罔顾整体利益。
其三后勤混乱，各兵种所用兵器不同、服装不同、编号不同、粮食等物资补给都不同，给后勤带来极大压力。
一旦发生战事，那么后勤补给不畅，物资调运难度增加，这些极其不利于作战。
其四军饷制度混乱，各军有新军的高饷银，有练军募兵的一般饷银，也有卫所士卒的极低饷银。
同工而不同酬，导致卫所士卒毫无战力，各军矛盾加剧，战时如何团结一心。
其五指挥混乱，各军有新军属于总参谋处、有募兵的各总督管辖，有卫所的五军都督府管辖，有京营及内廷的父皇直辖。
令出多门，战时各