不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，莫菲斯被捕，尼奥救出了莫菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪，其他的特工程序吓得落荒而逃。
原版的《黑客帝国》曾创造了“赛博朋克典范作品！”、“创立了子弹时间概念的革命性表现手法！”、“绝对意识主义！”、“对好莱坞科幻大片主题的大改造！”、“哲学命题的新科幻！”、“让人欲罢不能的视觉盛宴！”、“科幻片也能震撼心灵”、“哪怕二十年后，《黑客帝国》依然是包括《阿凡达》在内所有科幻电影不可逾越的高峰！”……
不仅是单纯地坐在电脑前讲述一个黑客的故事，而是一个大布局中的人类反击战。
当然原版的瑕疵和缺陷也很多，让人无法理解的也有很多。
包括所谓要纠正一些人的错误看法