主要由于武士阶级崛起，天皇大权旁落，然后镰仓幕府成为东瀛的实际统治者。
后醍醐天皇即位，决心夺回政权，恢复皇室权威，便策划了两次倒幕运动，但都以失败告终。第二次倒幕运动失败后，后醍醐天皇便被镰仓幕府流放。
这幕府, 便就仿佛中原大地的大将军府，或者宰相府一般，然后再将皇帝架空，便就是东瀛的所谓幕府。
而在倒幕运动中立下大功的足利高氏，则被后醍醐天皇赐名尊氏。虽然天皇给足利氏赏赐了极高的官位和荣耀，但并没有给出多少实权。
于是天皇的这一举动，便引发了以足利氏为首的武士阶级不满，足利尊氏便又开始策划谋反。
后醍醐天皇带着三神器出逃，足利尊氏则拥立丰仁亲王即位，但实际上掌权者是却足利幕府，因足利氏居住在东瀛京都室町，因此又叫室町幕府。
而后醍醐天皇出逃后，在南方建立政权，与北方的室町幕府遥遥对峙，从此东瀛便开始了长达六十多年的分裂时期。
却是自从各国使臣金陵城告状东瀛倭寇之后，武庚便也当做外厂密探的消息，大致的跟朱元璋讲了一下，此时的东瀛却是有着两个天皇。
然后北方的天皇，不过是足利义满的