杨秀清也考虑到独立水营的需要，在请示了洪秀全之后，便任命罗大纲为水营正丞相。而平时素不做声的韦昌辉，则推荐自己的弟弟韦志俊担任罗大纲的副手。水营大约8000人。
石达开离开太平军的时候，给留下了五百杆洋枪，太平军这一路征战，能打的还有三百多杆。太平军见识了洋枪的厉害，也知道洋枪要集中使用，早有专门成立一个火营的心思。现在既然建水营，洪秀全就顺势提出建火营，并推荐自己的妻弟，天慕赖汉英为火营丞相。赖汉英于是掌率火营全部火枪，以及三门西洋炮（六磅炮），500正兵，300副兵。
长沙之战，太平军使用地道火雷攻击城门，颇有收益。于是专门成立了一个土营，以曾水源为丞相，专管穴地攻城之法。火营大约5000人。
水营、火营、土营三个营的设立，是太平军的战法逐渐转向专业化和合成化的开始。除此以外，太平军还开始推行点检制。
太平军本来的军队编成，是效仿周礼，一军13000人左右，下设五师二十五旅。然而，在实际的操作中，每军从来没有超过2500人，一旦有个好汉来投奔，就给他一个“军帅”的头衔，有的军帅甚至下辖只有一百多人。太平诸王、侯深感指挥不便。