打铁削除燕王权力。
朝廷用黄子澄和齐泰的计谋，调走燕王手下精兵，又在燕王府所在地北平一带调动军队以监视燕王。朱棣起兵叛乱，上书朝廷指称黄子澄和齐泰为奸臣，朱允炆派老将耿炳文讨伐，初战不利，朱允炆听从黄子澄的建议，以曹国公李景隆接替耿炳文，齐泰极力反对但无效。李景隆接任后，表现更令人失望，屡战屡败，损失数十万人，朱棣乘着李景隆战败之时，上书朝廷，极力批评黄子澄和齐泰，建文帝便免去二人官职，但仍暗中与二人议事。
李景隆在济南战败后被撤换，建文帝赦免了他，黄子澄哭着请求建文帝治李景隆的罪，朱允炆没有接纳，黄子澄便说：“大势已去了，我举荐景隆误国，万死不足赎罪！”。当盛庸在东昌大破燕军后，朱允炆恢复了黄、齐二人的官职，可是在三月，盛庸在夹河战败后，又再次免去二人官职。燕军逐渐逼近南京，朱允炆谋求与朱棣谈和，便把黄子澄和齐泰眨谪到外地，仍密令二人募兵，南京陷落前，朱允炆召黄子澄回京，未至而南京已失守。
当朱棣的叛军逼近南京、建文朝大势已去时，黄子澄当时不在主战场南京，而是在苏州募兵，他没有逃跑，没有投降，决心与建文朝共存亡，还将妻子许氏与四个儿子，从老家分宜接