必然因为感到恐惧，于是怀有叛离之心，并非是我程畿所接受的。”并告诫程郁说：“我受到一州的恩惠，应当为州牧竭尽忠诚和节义。你是郡吏，应当为太守效力，不可以认为我曾有叛离之心。”
庞羲遣人告诉程畿说：“你的儿子在郡里，不服从郡太守的命令，因此你的家族将受到祸害！”程畿回答说：“以前乐羊作为一个将领，喝了用他儿子的肉做成的汤，这不是父子之间没有情谊，而是因为君臣间的大义。如今，即使再次把我的儿子做成汤，我一定也会喝下去的。”庞羲知道程畿这样做必定不是为了自己，于是向刘璋表示表示深切的谢意，刘璋也宽恕了庞羲，在听说程畿的事迹后，任命程畿为江阳太守。
刘备夺取益州，逐领益州牧，任命程畿为从事祭酒。程畿随先主刘备东征吴国，蜀军于夷陵遭遇败绩，沿长江顺流而下退军。有人告诉程畿：“后面的追兵已经赶上，抛弃船只，便可以逃脱。”程畿说：“我在军中，未曾因为敌人弃船而走，何况跟随天子而遇见危险呢！”不久之后，东吴水军追上了程畿，程畿手持大戟，与将士们一起与敌军爆发激战，并击沉了部分东吴战船，只可惜东吴水军主力赶到，将程畿团团包围，程畿力战而亡，但却为刘备摆脱敌军的追击赢得了宝贵的时间