手嘱咐其与大将军曹爽共同辅佐太子，当天，魏明帝驾崩，年仅三十六岁。曹芳登基，成为曹魏政权的第三任皇帝，尊皇后郭氏为皇太后，曹爽和司马懿共同辅政后，开始了权利博弈，在一段时间内，郭太后对朝政是有发言权的，二人共同辅政，遇到大事各自发表意见，意见统一当然皆大欢喜，意见不统一的时候，郭太后的表决，就非常关键，但随着时间的发展，权利的天平开始发生了倾斜。
《三国志》中有这样一段描写：“爽以宣王司马懿，年德并高，恒父事之，不敢专行。”随后，“台中三狗”何晏、邓飏、丁谧做了尚书，权力悉数被曹爽党羽掌控，“诸事希复由宣王，宣王遂称疾避爽。”从这段话能看出，这个时期曹爽开始得势，司马懿基本是被架空的状态。大将军曹爽采纳何晏、邓飏、丁谧之计，软禁郭太后于永宁宫，郭太后和曹芳告别时相对哭泣，曹爽自此开始专权，老谋深算的司马懿装病示弱。曹芳离开洛阳去祭扫魏明帝的坟墓高平陵，曹爽兄弟均跟从，司马懿趁机请示被软禁的郭太后，发动政变，并亲率士兵守住城门，曹爽投降，后被诛杀。
曹爽死后，曹魏政权实际已被司马懿所掌控，曹芳封司马懿为丞相，司马懿称病不上朝，每遇到朝政大事，曹芳就亲身去司马府请示