归魏室。
裴潜在代郡作了三年太守后，回朝廷任丞相理曹掾，曹操称赞褒奖了裴潜治理代郡的功劳，裴潜说：“我对百姓虽然宽宏，但对胡人却很严厉，如今谋臣们一定认为我于理过严，于事过宽，其实胡人一向骄横恣肆，管治过宽必然导致松弛散漫，因此只能将他们绳之以法，这就是诉讼纷争所以产生的原因，从现在的形势上判断，代郡一定还会发生叛乱。”听完这番话，曹操十分后悔这么快就让裴潜回来，几十天以后，果然又传来三个单于造反的消息，曹操只得派鄢陵侯曹彰为骁骑将军，前去征伐他们。以后裴潜出京担任沛国相，调任兖州刺史，曹操途经摩陂，对兖州整齐的军阵赞叹不绝，特地加以赏赐。
曹丕称帝后，裴潜入朝任散骑常侍，又出京任魏郡、颍川典农中郎将，掌管屯田地区的农业生产、民政和田租。他不断向朝廷举荐人才，从此农官仕途逐渐通达。后调任荆州刺史，赐爵关内侯。明帝曹睿即位后，裴潜入朝担任尚书。后出任河南尹，转任太尉军师、大司农，封清阳亭侯，食邑二百户。后又入朝任尚书令，进言庄正，量才任官，甄别人品能名实并重，制定判断官府事件的条文一百五十多条。后因父亲去世辞官守孝，拜光禄大夫。
正始五年裴潜去世，被追