郡中任职，后任太守尹端任用他为主薄。尹端征剿许昭失利，被州刺史举奏，应问斩刑，朱儁悄悄到京师，花费数百金，买通主持章奏的官员，把刺史的奏章加以改动，于是尹端才得输作左校，尹端见罪过减轻，大喜，但心中疑惑，不知为何得减罪过，朱儁也始终没对人提起过。
后来会稽太守徐珪推举朱儁为孝廉，被朝廷任命为兰陵令，因为在任期间政绩卓越，不久以后升任交州刺史，然而此时交州大乱，交趾郡叛贼梁龙率众万人，联合南海太守孔芝一起反叛，攻破郡县，几乎夺取了交州全境，叛军有数万人。而朝廷鞭长莫及，朱儁这个交州刺使不仅有名无实，甚至随时面临生命危险，可是朱儁展现了他果断的一面，居然只率领家兵五千人就进入交州。朱儁到了交州州界，并没有直接进击叛军，而是先按兵不动，派遣使者拜访各郡太守，查探贼军虚实，宣扬朝廷的威德，以震动贼心，于是交州各郡传檄而定，本来已经被迫归顺叛军的各郡太守，重新接受朝廷指挥，纷纷起兵响应朱儁，朱儁这才联合七郡之兵讨伐叛军，很快变打败叛军，平定交州。
朱儁因此功被封都亭侯，让朱儁从遥远的交州来到朝廷，进封朱儁为谏议大夫，以便朝廷随时启用，后来以张角为首的黄巾起义爆发，朱儁临危