朝庭为了安抚这些山民，格外重视此次的招安。先是降旨撤了宋光斗的职，可怜宋光斗临致仕前晚节不保，不过他还是得叩谢主隆恩，至于其他税吏，当时主事的吴仁义直接充军，整个兴化官场发生了一场大地震。
招安的使臣带着圣旨来兴化，整个队伍仪仗规格相当的高，还有御酒之类的赏赐。梁川看到这个场面不知道是好还是不好，这种风气要是蔓延开了，以后哪个老百姓不爽就造反，反正造反之后可以被招安，这个买卖不会亏。
朝庭几位大员分析了这次兴化林氏兄弟叛乱以后，总结了几点，一个是兴化地处闽中，正好介于福州与泉州府之间，两地若要实行有效管辖都是鞭长莫及。况且泉州福州均是要地，不容有失，本地的兵力即要镇守本州，如果兴化这个地方乱事再起，不仅各种物资转运不便，泉州与福州一分为二，可能自身难保反而有失。
为此，朝庭商议之后，便打算将兴化撤出来，将福州以南，泉州西北的大片山地分离出来，建立兴化军，谢置军级行政机构，设置知军事一员，兼知县事，再设通判军事判官各一名，左助军务政务，其他一应巡检都监，捕快一应俱全，规格相当于是泉州府平级，不过因为兴化人口相对较少，经济较弱，只算得是下军。