汗国本就位于天山南路，东起哈密，西到费尔干一带，统治着后世南疆、阿富汗、乌兹别克、吉尔吉斯等诸多地方，而疆域之中山地高原和沙漠占据了大部分地方，因此水草丰美的盆地和绿洲才是人口集中之地，疆域虽广但核心区域却被沙漠和山地分割成了七八个区域。
地理限制和分封制度导致叶尔羌汗国内有几个总督，阿都拉所代表的司马依伯克其实只是其中一个总督罢了，而每个总督各执掌一块区域，拥有全部权力，这在前任大汗阿布都拉汗在世的时候有所削弱，但随着阿帕克和卓叛乱之后，各区域都处于分列状态，其中阿帕克和卓控制了汗国重要的喀什噶尔和叶尔羌城，而帕米尔高原以西的区域已经不听号令，而在帝国的河西走廊与司马依伯克的领地之间，还有一股重要的力量，那就是前任大汗的五弟巴拜伯克。
巴拜素来就是一个刺儿头，在其兄长登上汗位之后，封其为哈密总督，但巴拜野心勃勃，一直想趁着中央王朝改朝换代向东扩张，屡屡进犯河西走廊，甚至在伪清时代，甘陕爆发起义，巴拜也派兵支持，想要侵吞河西走廊，巴拜有能力也有实力，可一直一事无成是因为他还有一个好兄弟，老六阿布伦，其是吐鲁番总督。
与好战的巴拜不同，阿不伦是一位宽宏