展开了围城战，先是吴胜兆和李成栋的绿营，继而是南京来的汉军旗和满洲大兵，最多的时候，要塞外面有两万多人，清军中许多名将重臣的旗号也在城外出现，强攻、招降、逼迫、诱惑，轮番上阵，塔克图经验丰富，见招拆招，渡过了最艰险的半年。
随着后来清军对其他方向用兵，围攻的清军少了很多，而当江南分舰队的实力越来越强，崇明战争态势彻底改观。
江南分舰队大批量装备加列船和加莱赛两种重型浅水桨帆船，加列船首尾各有三门炮，舷侧有回旋炮二十多门，除了桨手还有陆战队上百，而加莱赛更是重型桨帆船，船艏船尾各有一个炮台，装配火炮六门，还有一层火炮甲板，合计火炮二十四门，而桨手、炮手和士兵加起来有近四百人。
这些桨帆船多是不到三米的吃水深度，最适合在长江作战，清军那些杂七杂八的水师战船根本不是对手，每次分舰队进击长江口，都会引起腥风血雨。
如此，崇明要塞这个楔进清虏心脏的钉子变成了一个诱饵，清军陷入了两难境地，这么一个设施完备的要塞，没有两三万人真打不下来，但如此规模的军队就需要大陆不断支援粮草，而对手舰队强横，一个不慎，岛上的清军就会断粮，而若是减少规模，就打不下来。