灵帝下诏书征董卓为少府，实乃明升暗降之意，为的是夺其兵权。董卓不肯受命，上书推辞道：“吾下属的湟中义从、匈奴士兵都来拦住我的车马，苦求吾不要抛弃他们。吾制止不了他们，只能留下来宽慰他们，不能离开，还请圣上见谅，如果情况有变动，吾再向朝廷汇报。”
汉灵帝也无可奈何，自然是十分担忧。中平六年春二月时，凉州叛军围攻陈仓县城达八十余日不克，疲敝而退。皇甫嵩下令追击，董卓劝阻，认为“穷寇勿追，归众勿迫也。”皇甫嵩则认为：“叛军是丧失斗志的疲惫之师，而不是归众的穷寇也，实乃追而歼之的最好时机。”
随后皇甫嵩命董卓殿后，则自己亲率大军追击。此战一路上连战连胜，斩叛军首级万余枚，叛军首领王国逃走后不久，便病死在逃亡的路上了。由此皇甫嵩一战成名，深得汉灵帝的赏识。董卓因此十分忌恨皇甫嵩，认为是他挡了自己的升迁之路，不肯给自己机会。
此时的汉灵帝已是病入膏肓，时日无多了。因此他再下诏书，拜董卓为并州牧，其属下军队转交给皇甫嵩，好借机以绝后患。
然董卓只接受任命，但是却不肯交出军权。他上书辩解道：“吾掌兵十年，士卒上下和我关系太好了，都要为我拼死卖命，