些人本身大多是来自于陕地，崇祯时，陕北流寇高迎祥、张献忠、李自成等部数次入川，每次都会裹挟大量的关中汉中和湖广等地的青壮。
而这些入川者，都很快在明军的围剿时出川，但每次都会有许多被裹胁的青壮等滞留在川陕边界的山区。
这些人没能随主力逃出包围圈，被迫滞留下来后，仍要被大明官军以及地方的土司、地主等围剿。
这些人本来也是遭难的百姓，但在乱局的压迫下，最终也只得继续落草为寇，或者与当地的土匪联合，于是就形成了以摇天动和黄龙二人为首的摇黄贼。
虽然后来摇天动和黄龙都先后战死于湖广陕西等地，但四川的摇黄贼却依然存续下来，甚至有许多因战乱饥荒等走投无路的人加入了摇黄旗。
他们继续打着摇黄贼的旗号，在川中以劫掠为主，占据山险，劫掠乡里，很少却攻打城池，主要就是流窜劫掠乡里。
摇黄贼势力大者有十三股，称摇黄十三家，就是有十三个比较大的势力，期间也有些摇黄旗被剿灭，但很快又会有新的人马继续举着旗号，所以摇黄十三家虽然更换了不少首领、势力，但打着摇黄贼旗号的这些贼匪，始终存在。
甚至因为近些年战乱的频繁，蜀中饥荒等，摇黄