口气的他转而找魏忠贤帮忙，他通过自己广泛的人脉关系，找到了魏忠贤的外甥兼养子傅应星，阮大铖舍得出钱，于是大笔银子砸下去，魏忠贤便让阮大铖做上了吏科都给事中这个职位。
阮大铖拿回了本来属于他的位置，但这番年轻气盛的操作，也得罪了整个东林党的大佬们，于是阮大铖最后也只能被迫辞官归乡。
天启末年，东林和魏忠贤党争激烈，崇祯上台后，魏党被清洗，闲居家乡的阮大铖谋复出，写了两封奏疏，提出天启朝政混乱，前四年归罪在东林党，后三年当归罪魏忠贤。
他这种两边一起攻击的行为，得到崇祯的赞赏，授封从三品光禄寺正卿，但却也犯了官场大忌，于是魏党、东林党两大势力都群起攻击，尤其是后来东林在承办钦定逆案时，毫不犹豫的把阮大铖视为欺师灭祖的叛徒，打入了阉党之列。
于是阮大铖马上又被削职为民，一直不得起复，直到弘光朝，马士英为他复出，举荐入朝，后任兵部尚书。
当年的东林后起之秀，后来却成了阉党附逆，这里面的故事本就很传奇，反正都是党争的结果。
但是朱以海早就下过诏书，毁禁三朝要典，赦免魏党、顺逆等等，过去的事都不追究了，马士英和阮大铖这两个人人