阮大铖他们站一边，对东林党打击不遗余力，所以东林党对马士英阮大铖恨之入骨，对刘孔昭那也是痛斥为奸佞。
刘孔昭对东林党动手甚至是从崇祯年间就开始了，当时他就与内阁首辅温体仁联手打击东林党人。
在弘光小朝廷里，刘孔昭甚至直接搞出了殿臣之争，在朝堂上直接骂东林党的张慎言，甚至掏出刀子要捅了他。当时弘光朝中的东林党人张慎言、高弘图等都被他攻击。
可谓是跟东林势如水火的人，东林党也把刘孔昭称为阉党的第三号人物，毕竟脾气火爆，又是勋臣，还手握着长江水师，这种人东林党既恨又无可奈何。
马士英还曾推荐刘孔昭入阁办事，遭到东林党集体反对，要不是没有先例，刘孔昭还能成为入阁的勋臣。
刘孔昭在弘光朝压的东林党抬不起头，却加官晋爵不断，先升诚意侯，然后南京城破前，还跟黄得功一起晋封为国公，黄得功升靖国公，而刘孔昭升诚国公。
当时弘光朝在长江打造了水师六镇，由黄蜚、黄斌卿、郑彩等六位总兵官分地划界防守，由武操江刘孔昭统领。
只是清军南下，略施工计谋就骗过镇江守将郑彩，轻松的过江，郑彩等不战而逃，最后南京城中的刘孔昭也只得逃跑。