后迎接了嫩科尔沁部明安台吉的女儿，以及明安弟弟洪果尔台吉的女儿为妻，还为儿子皇太极娶了明安兄莽古斯台吉的女儿哲哲为妻，借着女真与蒙古贵族关系，将察哈尔陷入孤立无援的局面。
可林丹汗这个时候，却还在不断发动对他不服号令诸部的讨伐战争，结果就是使的更多的蒙古部落背弃他转投后金，或远走漠北投奔外喀尔喀。
最后林丹汗众叛亲离，完全丧失了对察哈尔八大营和漠南蒙古诸部的控制，他西迁呼和浩特一带的归化城，进攻漠南右翼诸部，也让女真人趁机把蒙东地区的察哈尔诸部控制在手。
林丹汗最后连河套也呆不住，只得避走青海，投奔控制青海的外喀尔喀的一位台吉，却最后病死在那，他的妻儿们最后迁回河套，皇太极御驾西征，收降察哈尔诸部，还把林丹汗的妻儿都掳走。
林丹汗的妻妾，都被皇太极和兄弟们瓜分。
甚至林丹汗的两个年幼女儿他都养在宫里，长大后嫁给自己兄弟。
自成吉思汗起，绵延了四百二十九年的大蒙古帝国，算是灭亡。
而延续三百六十四年的大元王朝也终结。
就算是北元汗廷，也在维系二百六十七年后终结。