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不同于之前的蛮力进攻，此次大讨伐日军转换了思路，正面主力进攻的同时，关东军司令部又在日军和伪军中分别组成挺进队，在伪警察中组成特别工作队，专门对作战区范围内的抗日部队进行“讨伐”与捕杀，并通过组织“特别工作队”、特搜班、特务班等打入抗日武装内部，然后进行政治诱降和思想瓦解。
为了统一指挥此次作战，关东军司令部特意在吉林城成立了“讨伐司令部”，并任命第三旅团长长谷部照少将为总司令官。
不同于一般的临时作战指挥机关那样简易，这个“讨伐司令部”可谓是麻雀虽小五脏俱全，内设参谋部、宪兵部、警察部和伪满军、伪满铁路警护队、伪法院、伪协和会、伪行政联络部等。
除此之外，在参谋部内还编有3个工作队，专门进行政治诱降等工作。
经过一个多星期的调兵谴将，终于在一月上旬的最后一天，讨伐司令部的核心人员已经全部就位，针对铁血团的武装征讨也即将开始。