，浙江发生了科场舞弊案，受到牵连遭到罚俸的处分。天启二年，因病致仕。
天启四年钱谦益复出，主要承担《神宗实录》的编纂工作，同年，受御史崔呈秀和陈以瑞的弹劾，被革职回乡。
崇祯元年，钱谦益再度复出任詹事府詹事、礼部侍郎，在推举阁臣时，与温体仁、周延儒结怨，温体仁、周延儒趁追论钱谦益浙江乡试受贿，崇祯帝在文华殿亲自召见对质，钱谦益引咎撤职，坐杖罚。
崇祯十七年，钱谦益依附阉党余孽马士英、阮大铖，力荐阉党阮大铖为兵部侍郎，获得回报，出任南明礼部尚书。
南明弘光元年五月，清兵近逼金陵，兵临金陵城下，钱谦益随马士英、阮大铖等投降。
顺治六年到顺治十七年，钱谦益积极联络西南及东南反清复明势力，尽囊以资之，想赎罪，不过，已经迟了。
钱谦益的确是个反复无常的人，他一会儿自称东林领袖，一会儿依附阉党，一会儿投降清廷，一会儿反清复明，的确有点不知所谓。
不过，他并不是真正的东林领袖，甚至东林党的身份都有点牵强，一个钱谦益，代表整个东林党，这个传闻也不知道怎么传出来的。
制造这些传闻的人到底是为了什么，无法猜测，