大同新朝的学术思想，实在是太混乱了，充斥着儒士对儒学的自我怀疑。
这种现象，不是从明朝灭亡开始的，而是早在万历年间就出现了。
如果再往前推，可以推到正德、嘉靖年间，王阳明就是其中之一。但王阳明的思想，很快就分裂为无数派别。到了明末，心学的名声奇臭无比，反而需要用程朱理学，来批判沦为空谈玄学的阳明心学。
这历时上百年的思想运动，归根结底，是明代社会发展带来的。
随着生产力的大发展，商人阶层的崛起，市民阶层的壮大，乡镇经济的繁荣，传统儒学很难处理新的社会关系。而明末的政治腐败和民生凋敝，以及后来的满清入关，只是加剧了这种现象而已——可惜，这股思想运动，历史上被满清给掐死。儒学的自我更新，也就此中断，直到鸦片战争才重新点燃。
大同新朝，立国之初，儒生们依旧在反思。
一些人比较保守，认为应该复古，重拾秦汉的儒家经典，追寻儒家先贤的最初本义。这种人，可统称为“复古派”。
一些人相对保守，认为应该改良，将程朱理学与陆王心学结合，并融入欧洲传来的泰西学问。这种人，可统称为“实学派”。