与此大体同时，元代又是云南佛教摆脱藏传密宗的支配性影响而大规模改密为禅的时代。南诏、大理政权时，云南佛教“皆西域密教”，实际上是藏密，“初无禅讲宗也”。密教僧人叫阿叱力或阿阁梨，或称轨度僧、轨范僧。没有出家的阿叱力叫“师僧”，有妻室。最早在云南开寺收徒传播禅宗的，是1250年从云南到内地学禅，历25年后回到中庆筇竹寺的雄辩禅师。大约在十三四世纪之间的四五十年间，从汉地传入云南的禅宗很快成为当地佛教的主流，阿叱力僧几乎落到民间巫师的地位。这个转变，很可能有当时云南社会关系和社会结构的重大变迁作为基础。但它刚刚发生在汉地的文化影响以前所未有的力度施加于云南地方的时期，因而有效地加快了云南上层文化从它本身的体系中脱逸出来，向中原汉文化靠拢的过程。到元明之际，在云南中心地区的城镇和士人中流行的，已基本上是与内地相同的汉文化了。
不过，从上面的叙述中间，也不应该产生这样一种误解，即元代云南的人口主体，已经由汉族百姓、或者至少是由汉化程度很深的那些非汉族居民所构成了。各种少数民族的部族、部落或部落集团，占据了人迹所能至的高山、水滨、坝区和林木中的大部分地区，尽管其人口密度很低，但