自郑芝龙归附朝廷，并站在官军这边击灭刘香之后，在大明沿海便再无什么大海盗，但各种小股海盗却多如牛毛。郑芝龙镇守福建，基本上将当地的所有海盗收入自己麾下。即使不愿直接归顺的，基本上也和他保持着一定的联系。所以，福建周边海域都完全在郑芝龙的控制之下。
但郑芝龙终究是个商人，虽然归附了大明，但一直想的是如何赚取更多的财富。在明面上，他是福建总兵，打击南海周边的海盗。但暗自里，他利用手中的船队走私贸易，还收拢一些海盗为己所用。而除归他统御的福建周边沿海外，他对其他地域的海盗完全视而不见。而且有的时候还采取默许，甚至是私下支持。
明末虽然禁止海贸，但是私下的走私贸易却异常繁荣。最兴盛的地方除了郑芝龙所掌控的福建，还有广州和大明经济最发达的苏浙地区，大量商人、乡绅，甚至是当地的某些官员都组织人力参与这样的事情。
同时，大明兼并土地严重。很多失去田地的佃农及庄户看到那么多船队出海，为了活命，便冒险从事海盗这种无本的生意。他们截杀船队，走私货物，有时还突袭沿海的村庄，成为新兴的海盗。但不同于郑芝龙，他们人虽然多，但组织混乱，没有一个领头的。彼此之间也争
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