。这些义民迅速夺取了岛原半岛南部的原城，并在城中竖起了十字架，挂上了画有十字架和圣像的旗帜。确切的说，这是一场天主教徒对抗日本幕府的战争。
义民在坚持四年后，被幕府扑灭。在战争结束后的第二年，幕府以“岛原之乱”是异教徒造反为由，决定彻底禁教。先是严禁葡萄牙船只在日本上岸，又彻底禁止其船只来航，彻底断了与西方交易的道路。
但荷兰因为襄助日本平定岛原之乱，而成为唯一能和日本交易的西方国家。荷兰东印度公司在长崎设立了分公司，虽然荷兰人不能出长崎商馆半步，而日本人也严禁出海，但至少两者维持着正常的贸易。
而大明和日本虽然经过了万历援朝之战，但两者的民间往来一直没有断绝。而日本也需要从大明来的生丝和其他货物，大明的商人不仅可以和日本交易，还能上岸。但是贸易必须经过日本幕府，而不能直接与民间直接交易。
实际上大明与日本一直保持贸易往来的是郑芝龙，他早年侨居长崎。后来虽然成为海盗，降明为将，但和日本的联系和贸易却一直没有断绝。其长子郑成功，此刻还叫郑森便是在日本出生，直到六岁之时才随其母田川氏返回大明。
因为官方的关系，从威海或胶州出发的商