崇祯帝早欲在辽东再安插一个监军，只不过一直没有合适的人选。将高起潜贬黜京师到辽东出任监军，一方面可以平息了众人的愤怒，另一方面也可以助崇祯皇帝稍微控制一下辽东的军队。
而周显这边，处境显然比高起潜更难，毕竟后者只有一个贪墨的罪名。虽然崇祯帝心中知道周显并无大罪，甚至这场骚乱之所以能这么快止息，少不了他的果断行动。但当场射杀薛濂，在平叛过程中下达了对乱民格杀勿论的命令等这些行为都颇有争议。
那么多百姓被杀，那么多民房被烧，那么多公侯伯府被洗劫一空。到最后，所有的愤怒到最后都集中到了周显身上。
崇祯帝想要放了周显，但在群臣的纷纷上书中，他又无法下那样的诏令。最后只得暂时关着周显，欲待此事稍微平息之后，再下令放他出狱。但因为周显之前的光芒太盛，嫉妒他的，仇视他的不计其数。这些人不断上书，而李邦华、方以智等支持周显的话语反而沉入在茫茫的糟杂声中。
周显对于这件事早有一些心理预期，但他没想到这样的指责竟然持续一月有余而丝毫没有减弱趋势。这一个多月的监牢生活，不仅减弱了周显对崇祯帝的信任，也使他对大明的臃肿的官僚体系产生了彻底的反感。
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