朕已经下了结论，此事到此结束。并斥责东林党人乘宫庭仓卒之际，遂怀倾危陷害之谋，构朝廷骨肉之嫌，自为富贵功名之地，其为乱臣贼子，可胜诛哉！
更是斥责左光斗、高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应升、周宗建、黄尊素等人借移宫以贪定策之勋，冲入内宫，更斥责道，“而希非望之福，将凭几之遗言，委诸草莽，以待封之宫眷，视若寇仇，臣子之分谓何，教忠之义安在？”
朝廷根据天启皇帝的意见，将东林一部分人打入诏狱。
理由就是这些东林中人，欺负皇帝年幼，贪拥立之功，挑拨皇室骨肉至亲，败坏皇家名誉、贪污受贿……等，下诏狱。
其中高攀龙跳水而死，杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章六人死于狱中，其中顾大章在刑部上吊自杀。
《三朝要典》于天启六年正月二十六日开馆编撰，天启六年五月二十五日已经基本成书，历时仅四个月。
等他登基后，《三朝要典》被焚毁。（这时的朱由检还不知道，大明灭亡后，这部已经由他焚毁的《三朝要典》在南明弘光朝再度由朝廷公开于天下，党争更家激烈，弘光朝不到一年而灭亡）
朱由检脑子之中想着皇兄的所作所为，心中有些