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可以说，方腊起义失败的原因是多方面的，而最主要的原因还是在他自身。
方腊是以摩尼教起家，而在起义时又是借助南方民众受花石纲迫害的由头，这二者最后要融合在一起，难免不会造成冲突。
因而，在发展起义军时，方腊在很大程度上在强迫众人加入摩尼教。
起义军无弓箭、盔甲，只以鬼神那些隐秘难测的事互相煽动，烧房舍、掠金帛子女，诱逼良民加入队伍。人们安于太平，不识兵革，听到金鼓声就束手听命，不到十天就有数万人参加义军，
这支义军中，摩尼教徒成了骨干力量，其他人不过是在混水摸鱼，他们很难形成合力。
再者，方腊对外人信不过，大多情况下在用人唯亲。宰相方肥、大将军方七佛、太子方书、二太子方毫等等，他们都是方家人，也都占据着重要职务，因而对局势的发展起到至关重要的作用。只是，他们并不能统揽全局，甚至在管理和组织上缺乏能力，从而造成了起义军队伍的忙乱和无序，如此的队伍若能打好仗还真见了鬼。
还有一点，那就是方腊对局面过于乐观，对困难估计不足，甚至在军事上错误地采取了消极固守