点，如过长江、淮河、过徐州洪、过闸、盘坝等，不可能集中于几天内完成，往往需持续几个月的时间，这种情况下，制定适当的行船次序是非常必要的。
为确保漕粮的正常北运以及回空船只的及时南下，规定“运舟过尽，次则贡舟，官舟次之，民舟又次之”，其本意是在考虑漕运优先的前提下，力保皇家船只和商民船只的通行，但在实际运行过程中，往往大打折扣。为皇家运送时鲜贡品的贡鲜船，可在运河上畅行无阻，其它船只都要避让，是运河上的特权船只，何况皇帝的行驾。
即便御船勿需盘查，缴税、装卸货物，可以不用等待随时通过船闸、江口。其次由于这个年代没有灯光，通航船只又多，晚上一般是禁航的。再有航道也并非皆是一条直线，而是随着地形弯弯曲曲，宽窄不一，水位也有差别，尤其是江南河网密集，过河口的时候受到水流的冲击，有的地方还需牵拉才能通过。
此外，运河上行的多是帆船，还受到风力大小的影响。而顺水和逆水也是决定行船速度关键因素。现在正是秋风起，夏秋汛的时候，否则如御船这样的大船是难以通行的，需要无数的夫役纤拉才能逆水行舟。种种原因叠加，行船速度当然快不起来。
当然在极端的情况也有办法，