不过这种制度赵昺以为一样存在风险，那就是出镇宗王闹独立。而事实也是如此，由于内乱，一些宗王在镇戍区却乘机拥有了实际独立的地位。忽必烈与阿里不哥争夺蒙古大汗之位以及海都之乱时，察合台汗国开始自行其是；而钦察汗国与蒙古的本土完全阻隔，获得了实际的独立；忽必烈为了争取据有波斯、阿拉伯诸地的宗王旭烈兀的支持，把阿母河以西地区授与旭烈兀自主，于是产生了伊利汗国。
忽必烈也意识到其中的隐患。灭宋之后，他开始对各出镇宗王及分封的诸王兀鲁思普遍削夺事权，采取的一些措施包括设置行省管辖投下分地、宗王在镇戍区与行中书省等权分治、世袭与非世袭兼行等内容。从而限制了出镇宗王的权力，使其受制于朝廷及行省，不敢也不能闹独立。
现在蒙元朝廷直辖及行省的兵力受到重创，尤其是作为主力的侍卫亲军损失惨重，只能集中部署以大都为中心的京畿地区和上都为中心的草原地区，以保证所谓的腹心地区的安全。中央军势弱，行省的屯驻军无力，结果就是导致对诸王威慑力下降，且不得不依靠宗王军还对抗大宋的侵略。
此消彼长的情况下，宗王和草原诸王的作用凸显，他们不仅获得了更大的权力，也获得了更多的如税收和征兵等更多