尽管不一，有些问题甚至针锋相对，但也能够实事求是地肯定对方学术的可取之处。
不过有话是这么讲的‘文无第一，武无第二’，‘文人相轻’，所以这种兼容并蓄也是相对的，他们之间的纷争同样不断，即便是同源的学派也无法做的和谐相处。
首先表现在书院的祭祀活动上，这似乎带有某种宗教色彩，实际上，书院供祀与佛道寺观的祭祀方式也有所不同，不是祈求某些神灵的保佑，而是为人树立某种典型形象，是一种生动的教育形式。通过书院祭祀的对象可以表明该书院的学术宗旨和特点，也是书院教育的一大特色，还是一项特有的活动内容。
南宋书院除一般供祀孔孟等先圣先师之外，特别重视供祀周、程、张等北宋的理学大师，表明南宋书院大都与理学有关，是讲理学的书院。不少书院都各有自己特有的供祀对象，多把本学派的创始人，或与该书院有密切关系的代表人物加以供奉，用以提高书院的社会地位，标明或保持该书院的学派特点和学术特色。
另外，各学派在学术传播与师生传承的过程中，过分强调道统和门户，总认为自家学才是一本正经，而别人都是异端邪。以这种道统观，再去处理与其他学派士大夫的关系，就会出现自视甚高、责人太苛