湾对日本德川幕府造成了极大的震动，幕府上下都认为这是一次典型的外敌入侵。但与过去渡海攻打日本的元军有所不同，海汉军此前已经数次攻击九州岛西北端的平户岛，每次都是全身而退，而攻占佐世保湾之后，海汉军就已经没有退兵的意思了，迅速在当地修建了港口和堡垒，看样子是打算长期驻扎了。
德川幕府自然不会坐视外敌入侵，但佐世保湾附近都是绵延不断的山地，并不利于大部队行军和展开阵形作战，而想要从海上进攻这个半封闭的海湾无疑要冒着极大的风险，毕竟号称日本第一的平户水军几年前就在海汉舰队炮口之下全军覆没了，现在日本可没法拉出另一支能与之抗衡的武装舰队。
后来还是在葡萄牙商人的居中协调之下，幕府决定先派人与海汉进行谈判，毕竟要跟海汉打仗并非易事，如果能避免战争，幕府也不想拿手里有限的资源去跟海汉这种怪物拼个你死我活。
现任幕府将军德川家光所奉行的是锁国政策，全国只留下长崎一地作为对外贸易的窗口，因此对于石迪文所提出的贸易通对此早有预料，表示如果幕府坚持反对通商，那么海汉接下来就会攻打长崎及其他重要滨海城市。
长崎作为日本唯一的对外贸易窗口，所涉及到方方面面的利益