也因为这种得天独厚的地理优势，逐渐成为一处连通日本和外界的国际贸易港。繁荣的海洋贸易为平户造就了发达的航海业和造船业，而在此基础之上由地方豪强所建立的平户水军，其实力自然也在日本国内属于上乘水平。
在很长一段时期内，平户所辖的五岛列岛地区曾是倭寇武装的大本营，而这些倭寇前往朝鲜半岛和大明东部沿海等地烧杀劫掠的作战经验，也在后来逐渐被平户水军所吸收利用，所以平户水军的战斗力要远远强于日本其他地区闭门造车的水军武装。
而前几年大批十八芝余党逃到平户藏身，为这里带来了更多的先进军事技术，又进一步增强了平户水军的实力。
如今的平户水军已经不再是完全以安宅船、关船等日式战船为主力了，由十八芝带来的武装福船成为了近几年服役的主力战船。日式战船因为船体设计问题，大多只能在近海区域活动，而武装福船不但活动范围更大，航速更快，而且还可以在船上装备西式火炮，其战斗力要远胜日式战船。
虽然武装福船的造价也要相应高出一大截，但这对于财大气粗的平户藩来说倒不是大问题。何况平户水军升级之后，对于今后的对外扩张也将会起到很直接的作用，前期的军费投入必定能够获得足够丰厚