历年间，辽东边防形势日渐严峻，朝廷迫于无奈之下，又下令重开登辽海运。而援助辽东所需的物资和人员，大部分都着落在山东，给这一地区的社会安定和经济展都造成了沉重的压力。但这样的援助并没能拯救辽东战局，到天启年间，从辽东渡海逃到登莱的难民已有数万人之多，民间的地域冲突也越严重。
这些矛盾积怨在崇祯四年终于爆出来，辽军参将孔有德所率部队在吴桥生兵变，转而攻击山东各府县。而登州城内因为集中了大量的辽东难民，又是孔有德军的出地，当地居民获悉辽军兵变后，立刻对城内的辽人展开集体屠杀，而孔有德部在破城之后，出于报复也对城中的登州百姓进行了大屠杀。原本在明初建立起来的登辽互助关系，最终是以两地军民互相残杀的惨剧而告终。
其实在吴桥兵变之前，登莱巡抚孙元化、监军道王征已经在筹备以登州为战略基地，从海路进军收复辽东的作战计划。但孔有德这次叛乱将其计划彻底打乱，并且在1633年裹挟了大量人马和武器渡海逃往辽东归降了后金，之后便率部攻下了辽东半岛的旅顺口，彻底中断了登辽海上航道，并且也给之后的明清战局造成了深远的影响。
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