辖，军事上隶属于山东都指挥使司下的即墨营。灵山卫城位于胶州湾湾口南岸，在永乐二年（14o4年）和弘治元年（1488年）又分别由指挥佥事郭崇和分巡副使赵鹤主持了两次大规模的扩建。如今的灵山卫城城周五里，城墙外包青砖，高二丈五尺，厚一丈二尺，东西南北分别有朝阳、阅武、镇海、承恩四个城门，门上建有增强防御力的门楼。城外建有护城河，深达两丈五尺，宽为两丈。
《灵山卫城建置志》中记载：“四门洞达，街为十字，均齐方正，形若棋盘，巷口有石若棋子，中有界河自北水门入，由南水门出，汇于城南，渐次归海。”城中间建有卫署、经历司、仓库、演武场等设施，驻军规模一千余人。
在经历了三次营建之后，灵山卫城已经俨然是胶州湾沿岸地区的军政要地，驻军机构上马管军，下马管民，卫指挥使为正三品，在地方上已经算是级别很高的官员，而灵山卫行政区域也比后世地级市还要大出不少。
不过灵山卫在登莱之乱期间也接到山东都司的命令，抽调了大部分兵力前往登州参战，期间的伤亡着实不少，所以目前也是处在战后恢复期，驻军规模肯定是赶不上战前了。好在当时乱军的活动区域主要集中在胶东半岛北海岸，倒是没有直接波及到灵