州本地海商就不需向市舶司纳税了，实际上明朝对于海上贸易有多种多样，征收比例并不统一的税制，大体可分为水饷、陆饷和加增饷。
水饷是依照从事海上贸易的货船容积为计量单位的一种出口税，在实际运用中一般是直接按照船的宽度来收税。比如船宽一丈六尺，征税标准是每尺五两银，一艘船就是八十两银的贸易税。船越大，抽税的比例也就越高，按照每尺五钱银进行累加，例如船宽两丈六尺以上，要按照每尺十两银的标准收税，一艘船就是至少二百六十两银。而且跑的地方不同，税制也不一样，跑东洋的商船就比跑南海番邦的税率要低三成。
除此之外还有陆饷这种进口税，像“福瑞丰”这种从海外运回货物的海商便是这种税的征收对象。但因为进口货物千差万别，种类繁多，所以税制也很难统一。有些货物按重量和数量计算税率，有些货物却是按货物品质或者实际价值计算税率，至于收多收少，就给具体经手的人留出了很大的操作空间。（）
而加增饷则是一种针对进口商品的附加税，由船主负担。这是因为很多海商去吕宋等地交易之后，只装着墨西哥银元回到国内，这样一来船上没有什么可以征税的货物，对于按照陆饷征税的政府来说就是无利可图的结果。为了