熊明德和洪承畴两人商量着，很快就把军队各部都安排好了。
天王殿东配殿成了参知军事部，西配殿则为白玉卒和高仲光、张世河、朱元武、李开先及众亲兵所占，可以说，整个军队的军事首脑都在这里，天王殿成了军事指挥部。
大雄宝殿东西配殿则住进了李忠、薛林的后勤部，及邢立宪的军法部。
三宝殿东配殿共有四间，王兴独占北边两间，一间当值房，一间当卧房。南边第一间住的是蒋华、杜阳，第二间住的是黄浩、潘九、侯国盛、许显纯。
西配殿则由其他锦衣卫占据。
三宝殿前后门及王兴的值房前，各有两名锦衣卫站岗，王兴值房内，黄浩与许显纯一组，潘九与侯国盛一组，两组轮流，日夜伺候。
三宝殿之后的万佛堂东西配殿，王兴准备留给刘招孙和田有良的，至于后面的藏经楼，王兴不打算住人了，藏经楼放着全是佛家经典，万一缺失损毁，自己可是罪莫大焉。不但不住人，王兴还派锦衣卫在楼前站岗，任何人不准靠近。
最让王兴不放心的，是藏经楼后边的僧舍，现在全住进了当兵的，而在僧舍之后，便是守护“通护圆明大师”塑像的尼姑们。
虽自己下了严令，但士兵的素质