帝求治心切，《春明梦余录》记述：“崇祯二年十一月，以司礼监太监沈良住提督九门及皇城门，以司礼监太监李凤翔总督忠勇营”； [27] 中后金反间计，杀袁崇焕。 [28]
随着局势的日益严峻，崇祯帝的滥杀也日趋严重， [29] 总督中被诛者七人， [30] 巡抚被戮者十一人。 [31] 朱由检亦知不能两面作战，私底下同意议和。但明朝士大夫鉴于南宋的教训，皆以为与满人和谈为耻。因此崇祯帝对于和议之事，始终左右为难，他暗中同意杨嗣昌的议和主张，但一旁的卢象升立即告诉崇祯帝说：“陛下命臣督师，臣只知战斗而已！”，朱由检只能辩称根本就没有议和之事，卢象升最后战死沙场。明朝末年就在和战两难之间，走入灭亡之途。 [32]
崇祯十五年（1642年），松山、锦州失守，洪承畴降清，崇祯帝又想和清朝议和，兵部尚书陈新甲因泄漏议和之事被处死，与清兵最后议和的机会也破灭了。崇祯十七年（1644年）明王朝面临灭顶之灾，崇祯帝召见阁臣时悲叹道：“吾非亡国之君，汝皆亡国之臣。吾待士亦不薄，今日至此，群臣何无一人相从？”在陈演、光时亨等反对之下未能下决心迁都南京。 [33-34]